Film, Dune: Part Two’nun bitişinden 12 yıl sonrasını anlatıyor. Paul Atreides (Timothée Chalamet), artık İmparator Muad’Dib olmuştur ve evrende bir kutsal savaş başlatmıştır. Ancak bu savaş, milyarlarca insanın ölümüne yol açarak Paul’ü derin bir vicdan muhasebesine sürükler. Paul, gücünün bedelini öderken, eski müttefiklerinden gelen ihanetler ve yeni düşmanlarla mücadele eder. Ayrıca, sevgilisi Chani ve doğmamış çocuğu için büyük bir tehdit belirir.